پدر او، ملا علیمحمد مهندس اصفهانی، نیز از دانشمندان برجسته زمان خود بود و به غیاثالدین جمشید ثانی معروف بود. میرزا عبدالغفارخان در زمینههای مختلفی از جمله حساب، هندسه، نجوم و نقشهبرداری تخصص داشت و در این زمینهها آثار متعددی تألیف کرد.
از مهمترین دستاوردهای او میتوان به تدوین گاهشماری هجری خورشیدی بر اساس گاهشماری جلالی اشاره کرد که بعدها به عنوان تقویم رسمی ایران پذیرفته شد. او همچنین نقشه تهران را تهیه کرد و اولین سرشماری جمعیت تهران را در زمان ناصرالدینشاه انجام داد.